Министерство является республиканским органом исполнительной власти, участвующим в проведении государственной политики и осуществляющим управление в области охраны здоровья населения.
Основные задачи Министерства: обеспечение реализации конституционных прав граждан Российской Федерации на гарантированное получение медицинской помощи, лекарственных средств, изделий медицинского назначения, обеспечение создания условий для эффективного развития здравоохранения, лекарственного обеспечения, осуществление контроля в пределах своей компетенции за реализацией федерального и республиканского законодательства в сфере здравоохранения, разработка предложений по совершенствованию нормативной базы в сфере здравоохранения.