Основными задачами Комитета являются проведение государственной политики в сфере здравоохранения, координация и обеспечение методического руководства и взаимодействия государственной, муниципальной и частной систем здравоохранения, контроль за качеством предоставляемой населению медицинской помощи, качеством и безопасностью лекарственных средств, изделий медицинского назначения и медицинской техники.