Отдел по вопросам помилования аппарата Правительства Московской области является самостоятельным структурным подразделением аппарата Правительства Московской области. Основной задачей отдела является организационно - техническое, правовое, информационное, документальное и материально - техническое обеспечение деятельности Комиссии по вопросам помилования на территории Московской области.
В своей деятельности отдел выполняет следующие функции: готовит и представляет председателю и членам Комиссии по вопросам помилования на территории Московской области материалы, подлежащие обсуждению на заседании Комиссии; обеспечивает своевременное направление представления Губернатора Московской области Президенту Российской Федерации о целесообразности применения акта помилования в отношении осужденного; осуществляет контроль за своевременным и правильным исполнением законодательства по вопросам помилования, а также выполняет другие функции.
Отдел возглавляет заведующий отделом, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором Московской области по представлению министра Правительства Московской области - руководителя аппарата Правительства Московской области и согласованию с председателем Комиссии.