Из компетенции Министерства экологии и природопользования Московской области исключено осуществление деятельности в сфере обращения с отходами производства и потребления.

В число полномочий Министерства входят: подготовка предложений Правительству субъекта РФ по организации мер пожарной безопасности и тушения лесных пожаров; утверждение сроков поэтапного достижения предельно допустимых выбросов вредных (загрязняющих) веществ; проведение аккредитации граждан и организаций, привлекаемых в качестве экспертов (экспертных организаций) к проведению мероприятий по контролю деятельности юридических лиц и индивидуальных предпринимателей; организация мероприятий по энергосбережению и повышению энергетической эффективности, контролю за их проведением; реализация мер по противодействию коррупции.

Министерство также наделено правом утверждать перечни должностных лиц, уполномоченных составлять протоколы и рассматривать дела об административных правонарушениях.