Коллегия Министерства экологии и природопользования Московской области образована как постоянно действующий совещательный орган, обеспечивающий координацию деятельности и взаимодействие Министерства с федеральными органами исполнительной власти, центральными и территориальными исполнительными органами государственной власти Московской области, государственными органами, органами местного самоуправления муниципальных образований Московской области, организациями независимо от форм собственности и организационно-правовой формы.

К основным функциям Коллегии относятся: выработка согласованных решений в целях выполнения задач, возложенных на Министерство; рассмотрение разрабатываемых Министерством проектов целевых программ Московской области; решение иных вопросов в сфере экологии и природопользования. Оговорены права Коллегии при осуществлении своей деятельности.

Основной формой работы Коллегии являются заседания, которые проводятся ежеквартально. При необходимости могут проводиться и внеочередные заседания. Определены обязанности председателя Коллеги и секретаря, права и обязанности членов Коллегии. Заседания проводятся в соответствии с планом работы, а также повесткой дня, утвержденной председателем Коллегии, и правомочны в случае присутствия на них более половины всех членов. Решения принимаются простым большинством голосов участников заседания, при равенстве голосов решающим является голос председателя. Итоги заседания оформляются протоколом, который подписывают председатель и секретарь. Решения, принятые Коллегией, носят рекомендательный характер.

Определен состав Коллегии.