На Департамент здравоохранения ХМАО - Югры возложены отдельные полномочия в сфере охраны здоровья граждан.

Департамент здравоохранения автономного округа уполномочен устанавливать случаи оказания в медицинской организации первичной медико-санитарной помощи обучающимся в образовательных организациях, реализующих основные общеобразовательные программы, образовательные программы среднего профессионального образования, программы бакалавриата, программы специалитета, программы магистратуры, дополнительные предпрофессиональные образовательные программы в области физической культуры и спорта и дополнительные предпрофессиональные образовательные программы в области искусств.

А с 1 января 2017 года на Департамент возложено полномочие по ведению региональных сегментов Федерального регистра лиц, инфицированных вирусом иммунодефицита человека, и Федерального регистра лиц, больных туберкулезом, и своевременному представлению сведений, содержащихся в них, в уполномоченный федеральный орган исполнительной власти.