Система оплаты труда работников устанавливается локальными нормативными актами в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права.

Размеры должностных окладов работников устанавливаются на основе отнесения занимаемых ими должностей к ПКГ в соответствии с действующими профессиональными группами. К должностным окладам устанавливаются персональные повышающие коэффициенты (рекомендуемый максимальный размер персонального повышающего коэффициента - до 1), за исключением должностных окладов руководителя учреждения, его заместителей и главного бухгалтера. С учетом условий труда и норм действующего трудового законодательства работникам устанавливаются выплаты компенсационного характера (районный коэффициент, равный 1,3; процентная надбавка за стаж работы в Республике Хакасия (до 30 процентов); выплаты за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных (при выполнении работ различной квалификации, совмещении профессий (должностей), сверхурочной работе, работе в ночное время и при выполнении работ в других условиях, отклоняющихся от нормальных). Выплаты стимулирующего характера, размеры и условия их осуществления устанавливаются коллективными и трудовыми договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в пределах фонда оплаты труда. Решение о введении стимулирующих выплат принимается руководителем учреждения.

При наличии экономии фонда оплаты труда работникам оказывается материальная помощь при рождении ребенка; смерти близких родственников, по иным основаниям.