Министерство природных ресурсов и экологии Забайкальского края является исполнительным органом государственной власти Забайкальского края, определяющим перспективные направления развития в сфере недропользования, охраны окружающей среды, охраны атмосферного воздуха, охраны озера Байкал, государственной экологической экспертизы, обращения с отходами производства и потребления, водных отношений и безопасности гидротехнических сооружений, особо охраняемых природных территорий, радиационной безопасности, использования атомной энергии, осуществляющим отраслевое и межотраслевое управление, функции по предоставлению государственных услуг, функции по принятию нормативных правовых актов, функции по контролю в пределах установленных полномочий, а также осуществляющим переданные Российской Федерацией полномочия.
Министерство возглавляет министр природных ресурсов и экологии Забайкальского края, являющийся членом Правительства края, назначаемый на должность Губернатором края.
Финансирование расходов на содержание Министерства осуществляется за счет средств, предусмотренных в бюджете края, в том числе за счет субвенций, поступающих из федерального бюджета на осуществление переданных Российской Федерацией полномочий.
Имущество Министерства составляют закрепленные за ним на праве оперативного управления основные и оборотные средства, служебные и вспомогательные помещения, финансовые ресурсы, отраженные на его самостоятельном балансе. Имущество Министерства является собственностью края.