Министерство является республиканским органом исполнительной власти, участвующим в проведении государственной политики и осуществляющим управление в области охраны здоровья населения.

Основные задачи Министерства: обеспечение реализации конституционных прав граждан Российской Федерации на гарантированное получение медицинской помощи, лекарственных средств, изделий медицинского назначения, обеспечение создания условий для эффективного развития здравоохранения, лекарственного обеспечения, осуществление контроля в пределах своей компетенции за реализацией федерального и республиканского законодательства в сфере здравоохранения, разработка предложений по совершенствованию нормативной базы в сфере здравоохранения.

Предложение о создании автономного учреждения Республики Саха (Якутия) путем изменения типа существующего государственного учреждения Республики Саха (Якутия) и проект решения Президента Республики Саха (Якутия) по данному вопросу подготавливаются органом исполнительной власти Республики Саха (Якутия), в ведении которого находится государственное учреждение Республики Саха (Якутия), по инициативе или с согласия государственного учреждения Республики Саха (Якутия) и по согласованию с органом исполнительной власти Республики Саха (Якутия), на который возложено управление государственным имуществом Республики Саха (Якутия).