Руководителем Комиссии назначается должностное лицо из числа заместителей Председателя Правительства Республики Саха (Якутия) по решению Правительства Республики Саха (Якутия). Положение и состав Комиссии утверждаются Правительством Республики Саха (Якутия).

Комиссия в своей деятельности руководствуется федеральными законами, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации, нормативными правовыми актами федеральных органов исполнительной власти, законами Республики Саха (Якутия), указами и распоряжениями Президента Республики Саха (Якутия), постановлениями и распоряжениями Правительства Республики Саха (Якутия), нормативными актами исполнительных органов государственной власти, органов местного самоуправления Республики Саха (Якутия) по сферам ведения Комиссии, а также настоящим Положением.