Образованный Департамент является исполнительным органом государственной власти Республики Саха (Якутия), осуществляющим в пределах своей компетенции функции по реализации государственной политики в области водных отношений Республики Саха (Якутия).

Департамент является юридическим лицом, имеет самостоятельный баланс, лицевые счета в Управлении Федерального казначейства Министерства финансов Российской Федерации по Республике Саха (Якутия), Департаменте республиканского казначейства Министерства финансов Республики Саха (Якутия), гербовую печать с изображением Государственного герба Республики Саха (Якутия) со своим наименованием, иные печати, штампы и бланки установленного образца.

Основные полномочия, осуществляемые Департаментом в пределах своей компетенции:

владение, пользование, распоряжение водными объектами, находящимися в государственной собственности Республики Саха (Якутия); участие в установлении ставок платы за пользование водными объектами, находящимися в государственной собственности Республики Саха (Якутия), в разработке порядка расчета и взимания такой платы; участие в деятельности бассейновых советов; разработка и реализация программ Республики Саха (Якутия) по использованию и охране водных объектов или их частей, обеспечению безопасности гидротехнических сооружений, находящихся в ведении подведомственных учреждений; резервирование источников питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения.