Контроль за деятельностью автономных учреждений осуществляют исполнительные органы государственной власти Ульяновской области, уполномоченные осуществлять функции и полномочия учредителя автономных учреждений.

Контроль за деятельностью автономных учреждений, связанной с использованием по назначению и сохранностью недвижимого имущества и особо ценного движимого имущества Ульяновской области, закрепленного за ними на праве оперативного управления или приобретенного за счет средств областного бюджета Ульяновской области, осуществляется Департаментом государственного имущества и земельных отношений Ульяновской области.

Основными целями осуществления контроля за деятельностью автономных учреждений являются:

- установление соблюдения законодательства, определение правомерности, результативности и эффективности финансово-хозяйственной деятельности автономного учреждения;

- оценка выполнения показателей объема и качества государственных услуг, оценка выполнения государственного задания, выявление наличия просроченной кредиторской задолженности;

- эффективное и целевое использование средств областного бюджета Ульяновской области;

- выявление отклонений в деятельности автономного учреждения;

- выработка предложений по устранению выявленных отклонений в деятельности автономного учреждения.