Министерство является исполнительным органом государственной власти Ульяновской области, наделённым полномочиями и осуществляющим функции по реализации государственной политики в сфере здравоохранения Ульяновской области, а также контроль деятельности находящихся в его ведении учреждений.

Министерство осуществляет следующие функции и полномочия: организация оказания специализированной скорой медицинской помощи, организация оказания медицинской помощи, предусмотренной законодательством Ульяновской области для определённых категорий граждан, установление медико-экономических стандартов в соответствии с федеральными стандартами медицинской помощи, разработка и реализация региональных программ по развитию здравоохранения, профилактике заболеваний, лекарственному обеспечению, санитарно-гигиеническому образованию населения и другим вопросам в области охраны здоровья граждан.