Изменены полномочия органов городского самоуправления в связи с осуществлением функций областного центра. Исключен пункт, в котором органам городского самоуправления предоставлялось право передавать на договорной основе органам государственной власти Томской области полномочия, связанные с выполнением функций областного центра.

Проект генерального плана города в случаях, установленных градостроительным законодательством, согласовывается с Администрацией Томской области и вносится на утверждение Думы города Томска (ранее было предусмотрено согласование не только с Администрацией Томской области, но и с Государственной Думой Томской области). В новой редакции Закона указывается, что уведомление о проведении публичных мероприятий подается его организатором в письменной форме в орган городского самоуправления, а в случаях проведения публичного мероприятия в границах "Губернаторского квартала" города Томска - в Администрацию Томской области.

Закон вступает в силу по истечении 10 дней после дня его официального опубликования.