Департамент осуществляет регулирование ветеринарной деятельности на территории Смоленской области и внутриотраслевое управление по вопросам, отнесенным к его ведению. Основными задачами Департамента являются: обеспечение безопасности продуктов животноводства, предупреждение и ликвидация заразных болезней животных. Департамент возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Главой Администрации Смоленской области по согласованию с Департаментом ветеринарии Министерства сельского хозяйства Российской Федерации.