Предварительный, текущий и последующий контроль за деятельностью бюджетных, казенных и автономных учреждений города осуществляет в пределах своей компетенции администрация Оренбурга, ее отраслевые (функциональные) органы, контрольно-ревизионное управление, финансовое управление, комитет по управлению имуществом.

Предметом контроля является: соответствие деятельности учреждения, в том числе по расходованию денежных средств и использованию имущества, видам деятельности, предусмотренным его уставом, законодательству; обеспечение выполнения учреждением муниципального задания по оказанию муниципальных услуг; выполнение учреждением плана финансово-хозяйственной деятельности; обеспечение качества предоставления учреждением муниципальных услуг; исполнение учреждением бюджетной сметы; обеспечение эффективности использования, сохранности муниципального имущества; обеспечение исполнения требований к ведению бухгалтерского учета, достоверности бухгалтерской отчетности; обеспечение учреждением публичности своей деятельности.