Функциональная подсистема создается Министерством здравоохранения Оренбургской области, управлением Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Оренбургской области.

Созданная подсистема выступает как система органов управления, учреждений и формирований, предназначенных для организации и проведения комплекса лечебно-эвакуационных, санитарно-гигиенических и противоэпидемических мероприятий.

Основными направлениями деятельности функциональной подсистемы являются:

- сохранение жизни и здоровья населения;

- своевременное оказание медицинской помощи пораженным и больным гражданам;

- обеспечение защиты населения от опасностей, возникающих при ведении военных действий или вследствие этих действий, а также в чрезвычайных ситуациях природного и техногенного характера.

Определяется состав органов и учреждений, входящих в функциональную подсистему, организационные аспекты работы и взаимодействия участников и их полномочия.