Руководителям органов исполнительной власти Москвы, имеющих подведомственных распорядителей и получателей бюджетных средств, поручено до 1 декабря 2008 г. создать подразделения ведомственного финансового контроля. В связи с этим необходимо разработать основные требования к организации и осуществлению ведомственного финансового контроля органами исполнительной власти, а также разработать и утвердить соответствующие регламенты.
Основными направлениями и целями указанного контроля является: определение результативности, адресности и целевого характера использования средств городского бюджета; правильность и обоснованность планирования бюджетных обязательств, применения (или разработки) отраслевых нормативов, составления бюджетных смет, смет доходов и расходов по приносящей доход деятельности; соблюдение требований по ведению бюджетного учета, достоверность бюджетной отчетности; соблюдение получателями субвенций и субсидий условий, установленных при их предоставлении; выполнение условий государственных контрактов (договоров) на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных нужд города.

ГУП "Московский метрополитен" оказывает услуги по перевозке пассажиров (включая пассажиров, пользующихся правом бесплатного и льготного проезда) на Московской монорельсовой транспортной системе (ММТС) по государственным регулируемым ценам (тарифам). В целях возмещения затрат указанному предприятию из городского бюджета предоставляются субсидии. Регламентирован порядок выделения таких субсидий.
Размер субсидии определяется как разница между планируемым объемом обоснованных затрат ММТС и планируемыми доходами от перевозки пассажиров исходя из установленного уровня государственных регулируемых цен (тарифов) и объема оказываемых услуг. Обязательным условием предоставления субсидий является ведение ГУП "Московский метрополитен" раздельного учета затрат по ММТС. Кроме того, предприятие не должно иметь просроченной задолженности по налоговым и иным обязательным платежам в бюджеты всех уровней и государственные внебюджетные фонды, а также по средствам городского бюджета, выданным на возвратной основе.
Субсидии перечисляются Департаментом транспорта и связи города Москвы на основании договора, заключённого с ГУП "Московский метрополитен". Определён перечень документов, необходимых для предоставления субсидии.
В случае нарушения условий предоставления субсидий они подлежат возврату в городской бюджет.