Определены полномочия Департамента здравоохранения.
Департамент здравоохранения разрабатывает проекты правовых актов Мэра и Правительства Москвы по вопросам оказания населению города медицинской помощи, проекты государственных программ в сфере здравоохранения, санитарно-эпидемиологического благополучия населения, профилактики заболеваний, проекты правовых актов по организации обеспечения граждан лекарствами и медицинскими изделиями и т.д. Департамент является уполномоченным органом исполнительной власти города, осуществляющим переданные РФ полномочия в сфере охраны здоровья, в том числе по лицензированию медицинской, фармацевтической деятельности, деятельности по обороту наркотических средств и психотропных веществ, культивированию наркосодержащих растений; страхователем по обязательному медицинскому страхованию неработающего населения.
Кроме того, Департамент осуществляет ведомственный контроль качества и безопасности медицинской деятельности; лицензионный контроль; региональный государственный контроль за применением цен на лекарственные препараты, включенные в перечень жизненно необходимых и важнейших лекарственных препаратов.