Департамент науки, промышленной политики и предпринимательства решает вопросы субсидирования за счет бюджета города; утверждения тематического плана научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ; управления исключительными правами, приобретенными по госконтрактам на выполнение НИОКР; а также реализации комплекса мероприятий Государственного плана подготовки управленческих кадров для организаций народного хозяйства РФ на территории города. Кроме того, Департаментом разрабатываются проекты правовых актов Мэра и Правительства Москвы о создании и развитии на территории города технопарков, индустриальных парков и кластеров; по вопросам создания благоприятных условий для предпринимательской и инвестиционной деятельности; развития объектов промышленности и науки и их инфраструктуры, находящихся на территориях промышленных зон города и т.д.
Департамент возглавляет руководитель, назначаемый и освобождаемый от должности Мэром Москвы.