Департамент межрегионального сотрудничества, национальной политики и связей с религиозными организациями разрабатывает проекты правовых актов о развитии межрегионального сотрудничества, реализации государственной национальной политики, организации военно-шефской работы, патриотического воспитания допризывной молодежи и т.д. Кроме того, он принимает решения о разработке и реализации мероприятий по повышению качества и эффективности взаимодействия по
межрегиональному и этнокультурному сотрудничеству Правительства с органами власти субъектов РФ, общественными объединениями, укреплению межконфессионального мира и согласия, предотвращению конфликтов на религиозной почве.
Департамент возглавляет руководитель, назначаемый и освобождаемый от должности Мэром Москвы.