В целях возмещения недополученных доходов, в связи с оказанием услуг по перевозке льготных категорий граждан на пригородном железнодорожном транспорте, Московской железной дороге ежегодно предоставляются субсидии.
Получатель субсидий представляет в Департамент транспорта и связи города Москвы обоснованную заявку, содержащую письменное обязательство о выполнении государственного задания по выполнению услуг; статистическую отчетность, со сведениями об объеме услуг, заявляемых к субсидированию из городского бюджета, за предыдущий год; проект расчета размера субсидии; документы, подтверждающие отсутствие на дату подачи заявки просроченной задолженности по налоговым и иным обязательным платежам в бюджет всех уровней и государственные внебюджетные фонды, по средствам городского бюджета, выданным на возвратной основе. Решение о предоставлении субсидий оформляется приказом руководителя Департамента транспорта и связи города Москвы, на основании которого заключается государственный контракт.
Субсидии ежемесячно перечисляются получателю в пределах утвержденных объемов. По итогам работы за отчетный период (квартал), на основании акта выполненных услуг по перевозке льготных категорий граждан, Департаментом транспорта и связи производится перерасчет суммы, подлежащей перечислению. Не позднее 25 числа месяца, следующего за отчетным периодом, Департамент представляет в Департамент финансов Москвы скорректированные на текущий период плановые платежи и график финансирования на следующий период.