Основными задачами Аппарата Мэра и Правительства Москвы являются правовое, организационное, кадровое, информационное и документационное обеспечение деятельности Мэра Москвы и Правительства Москвы, осуществление контроля за выполнением органами исполнительной власти и должностными лицами поручений Мэра Москвы, Правительства Москвы, руководителя Аппарата Мэра и Правительства Москвы, первых заместителей и заместителей Мэра Москвы в Правительстве Москвы. Кроме этого, Аппарат Мэра и Правительства Москвы готовит предложения по формированию и реализации информационной политики Мэра Москвы и Правительства Москвы.
На Аппарат Мэра и Правительства Москвы возложены функции по организации деятельности Мэра Москвы и Правительства Москвы, в частности, установлено, что он организует подготовку и проведение заседаний Правительства Москвы, совещаний у Мэра Москвы и его заместителей. Аппарат Мэра и Правительства Москвы обеспечивает оперативной информацией Мэра Москвы, членов Правительства Москвы и руководителей органов исполнительной власти для принятия необходимых мер в случае возникновения чрезвычайных ситуаций и осуществляет координацию деятельности по обеспечению безопасности Москвы, координирует деятельность СМИ Москвы, пресс-служб и пресс-секретарей органов исполнительной власти и т.д.