Основными целями разрабатываемой программы являются обеспечение прав и возможностей жителей Москвы на удовлетворение своих потребностей в физической культуре и участие в массовом спортивном движении; развитие детского и юношеского спорта; воспитание физически и нравственно здорового молодого поколения москвичей; сохранение здоровья и совершенствование физического и нравственного потенциала москвичей методами физического воспитания; поддержание и развитие достижений московских спортсменов на Олимпийских и Паралимпийских играх, чемпионатах и первенствах Мира, Европы, Всероссийских соревнованиях.
Функции государственного заказчика и разработка городской комплексной программы "Спорт Москвы 2" (2007-2009 годы) возложены на Комитет физической культуры и спорта города Москвы.