Финансирование расходов на содержание особо охраняемых природных территорий осуществляется за счет средств бюджета города Москвы, целевого бюджетного территориального экологического фонда и иных разрешенных источников.

Главным распорядителем бюджетных средств является Департамент природопользования и охраны окружающей среды города Москвы, а получателями бюджетных средств - дирекции особо охраняемых природных территорий.