С 1 мая 2006 года на базе Государственного учреждения Объединения ветеринарии города Москвы создается Комитет ветеринарии города Москвы. Комитет является правопреемником Государственного учреждения Объединения ветеринарии города Москвы в части реализации государственной политики по вопросам обеспечения эпизоотического и ветеринарно-санитарного благополучия города, а также осуществления установленных городскими правовыми актами полномочий в отношении государственных учреждений ветеринарной службы.

Утверждается Положение о Комитете ветеринарии города Москвы.

В структуру Комитета входит Государственная ветеринарная инспекция, включающая в себя главных государственных ветеринарных инспекторов и государственных ветеринарных инспекторов по административным округам. Государственные учреждения "Московское объединение ветеринарии" и "Московская станция по борьбе с болезнями животных" являются учреждениями, подведомственными Комитету ветеринарии города Москвы.