В связи с изменением с 1 января 2006 года порядка кассового обслуживания исполнения бюджетов Российской Федерации устанавливается, что Департамент финансов города Москвы осуществляет организацию исполнения бюджета города Москвы, ведет учет операций по поступлению доходов и источников финансирования дефицита бюджета, санкционирует проведение получателями бюджетных средств расходов и иных выплат на лицевых счетах, открываемых в установленном порядке, за исключением операций, контроль за совершением которых возложен на органы Федерального казначейства. На Департамент финансов города Москвы также возлагаются соответствующие полномочия по взаимодействию с территориальными органами Федерального казначейства, учреждениями Центрального банка Российской Федерации и иными участниками бюджетного процесса в городе Москве.