В структуре министерства образован отдел надзора и контроля за соблюдением законодательства Российской Федерации в области образования.

В функцию министерства входит лицензирование и государственная аккредитация дошкольных, общеобразовательных учреждений, специальных (коррекционных) учреждений для обучающихся, воспитанников с ограниченными возможностями здоровья, учреждений для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей (законных представителей), учреждений дополнительного образования детей и других учреждений, осуществляющих образовательный процесс, а также их филиалов, расположенных на территории Республики Марий Эл, за исключением образовательных учреждений и их филиалов, лицензирование и государственная аккредитация которых отнесены к полномочиям федеральных органов государственной власти.

Министерство также осуществляет надзор и контроль за соблюдением законодательства Российской Федерации в области образования расположенными на территории Республики Марий Эл образовательными учреждениями (за исключением образовательных учреждений, надзор и контроль за соблюдением законодательства Российской Федерации в области образования которыми отнесены к полномочиям федеральных органов государственной власти), а также органами местного самоуправления, осуществляющими управление в сфере образования.

Постановление вступает в силу с 1 января 2009 г.