В соответствии с возложенными задачами, Департамент имеет право, за счет субвенций из федерального бюджета, на организацию и регулирование промышленного, любительского и спортивного рыболовства за исключением ресурсов внутренних морских вод, территориального моря, континентального шельфа и исключительной экономической зоны Российской Федерации, особо охраняемых природных территорий федерального значения, а также водных биоресурсов внутренних вод, занесенных в Красную книгу Российской Федерации, анадромных и катадромных видов рыб, трансграничных видов рыб и других водных животных, перечни которых утверждаются федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовое регулирование в сфере агропромышленного комплекса и рыболовства.