В установленной сфере деятельности Агентство главного распорядителя средств бюджета Калининградской области вправе иметь в оперативном подчинении областные государственные организации, в ведомственном подчинении - областные государственные унитарные предприятия и государственные учреждения. Соответственно Агентство наделяется полномочиями по приему, увольнению, применению мер поощрения и дисциплинарного воздействия к руководителям государственных учреждений. Также в пределах своей компетенции Агентство наделено правом издания приказов.