Комиссия образована в целях обеспечения взаимодействия республиканских органов исполнительной власти, органов местного самоуправления Республики Башкортостан, образовательных учреждений высшего профессионального образования, общественных объединений и организаций республики по проведению анализа эффективности деятельности указанных образовательных учреждений.

Основными задачами комиссии являются: выработка предложений по совершенствованию системы высшего профессионального образования, проведение анализа эффективности деятельности образовательных учреждений высшего профессионального образования, подготовка и внесение в установленном порядке предложений по реструктуризации образовательных учреждений высшего профессионального образования, действующих на территории Республики Башкортостан.

Основной формой работы комиссии являются заседания, которые проводятся по мере необходимости, но не реже двух раз в год.