В целях охраны водных объектов, расположенных на территории Республики Алтай, защиты населения от негативного воздействия вод и ликвидации его последствий, мониторинга водных объектов, осуществления капитального ремонта гидротехнических сооружений утверждена целевая программа, основной задачей которой является обеспечение охраны водных объектов, увеличение пропускной способности рек, установление границ водоохранных зон и прибрежных защитных полос с закреплением их водоохранными знаками, устранение истощения и загрязнения водных объектов, их экологической реабилитации. В ходе реализации программных мероприятий предполагается достичь предотвращения негативного воздействия рек на территории населенных пунктов, загрязнения рек, береговой эрозии, предотвращения подтопления паводковыми и наледными водами населенных пунктов республики, а также чрезвычайных ситуаций, предотвращения загрязнения и истощения водных объектов, снижения антропогенной нагрузки, регламентирования хозяйственной деятельности и иных показателей.