Единый аппарат Главы Республики Алтай и Правительства Республики Алтай является постоянно действующим органом, осуществляющим обеспечение организационной, технической, информационной, кадровой, аналитической и иной деятельности Главы Республики Алтай, Председателя Правительства Республики Алтай и Правительства Республики Алтай.
Аппарат Правительства выполняет следующие основные функции: осуществляет правовое обеспечение и контроль за соблюдением требований Регламента Правительства Республики Алтай; рассматривает и дает заключения на предмет соответствия законодательству Российской Федерации проектов законов Республики Алтай; обеспечивает представление интересов Главы Республики Алтай и Правительства в судах; выполняет другие функции в соответствии с решениями и поручениями Главы Республики Алтай.
Структура Аппарата Правительства включает в себя руководителя Аппарата Правительства, его заместителей, помощников Главы Республики Алтай и заместителей Председателя Правительства, структурные подразделения - управления, отделы и иные структурные подразделения.