Согласно внесенным изменениям, при составлении проекта республиканского бюджета главные распорядители также направляют в органы местного самоуправления предусмотренные методиками распределения межбюджетных трансфертов исходные данные для расчета межбюджетных трансфертов из республиканского бюджета Республики Алтай бюджетам муниципальных образований, осуществляют сверку указанных данных с органами местного самоуправления муниципальных районов и городского округа, предоставляют в Министерство финансов республики проекты методик распределения, порядки (включая цели и условия) предоставления и расчеты межбюджетных трансфертов бюджетам муниципальных образований, результаты оценки достижения показателей эффективности расходования субсидий местным бюджетам из республиканского бюджета исходя из целевых показателей эффективности расходования субсидий, установленных Правительством Республики Алтай.

Структура состоит из Министра Лесного хозяйства, Коллегии, заместителей Министра по лесному хозяйству, по охране окружающей среды, отдела доходов, бухгалтерского учета и контроля, экономики и отчетности, отдела лесопользования и государственного лесного реестра, отдела по недропользованию, предоставлению прав пользования водными объектами и водного хозяйства, административно-правового отдела, отдела по охране и защите леса, воспроизводства лесов, отдела нормирования, экологической экспертизы и разрешительной деятельности, отдела государственного лесного контроля и надзора, отдела государственного контроля в области охраны окружающей среды.