Согласно положению врачебная комиссия Министерства здравоохранения Республики Алтай предназначена для коллегиального обсуждения и принятия решения по всем наиболее значимым клинико-экспертным вопросам организации и качества оказания медицинской помощи, экспертизы трудоспособности и профессиональной пригодности, для рассмотрения конфликтных ситуаций, претензий пациентов и заинтересованных организаций, возникающих в процессе оказания медицинской помощи в лечебно-профилактических учреждениях. Комиссию возглавляет ее председатель, который назначается на должность заместителя министра по лечебно-профилактической работе. Во врачебную комиссию входит медицинский эксперт, основной задачей которого является оценка правильности выбора медицинской технологии, сроков, объема и качества оказываемых медицинских услуг, соответствия их установленным стандартам.