В соответствии с изменениями, полномочиями Министерства здравоохранения Республики Алтай является утверждение перечня медицинских организаций, имеющих лицензию на фармацевтическую деятельность, и их обособленных подразделений, расположенных в сельских поселениях, в которых отсутствуют аптечные организации, и перечня лекарственных препаратов (за исключением наркотических и психотропных лекарственных препаратов), продажа которых может осуществляться указанными медицинскими организациями. Также Министерство осуществляет на территории Республики Алтай функции страхователя для неработающих граждан и аккредитацию граждан и организаций, привлекаемых в качестве экспертов, экспертных организаций к проведению мероприятий по контролю.