С 1 января 2009 г. утверждена новая структура Администрации города Горно-Алтайска как исполнительно-распорядительного органа местного самоуправления. Теперь у Мэра города отсутствует пресс-секретарь, а также добавлены два отдела: по делам молодежи и по спорту, которые находятся в подчинении у Заместителя главы Администрации города по социальным вопросам. Кроме того, утверждена новая предельная штатная численность органов местного самоуправления в количестве 304,5 человека (ранее 192 человека), в том числе муниципальных служащих 198 человек.