Целью программы является достижение устойчивого бездотационного развития и улучшение качества жизни населения города Бийска посредством создания целостной системы организационно-экономических механизмов, обеспечивающей за счет новых источников финансирования и новых экономических и правовых форм хозяйствования, установление и поддержание баланса интересов Российской Федерации, регионов Сибири, Алтайского края и населения г. Бийска.
Предусмотрено три этапа реализации программы: первый этап (2003 год) - согласование программных документов, необходимых для получения городом статуса наукограда; формирование нормативной базы и органов управления программой; разработка методического обеспечения реализации программы; создание первоочередной инфраструктуры развития научной, инновационной, производственной и образовательной сферы наукограда, отбор и анализ инновационных проектов и начало реализации отдельных проектов высокой степени готовности; второй этап (2004 - 2006 годы) - достижение основных целей развития наукограда, создание целостной системы организационно-экономических и правовых механизмов развития научной, инновационной, производственной и образовательной деятельности на территории наукограда, выход на режим ее полномасштабного функционирования, проработка и начало реализации коммерчески состоятельных инновационных проектов; третий этап (2007 год) - завершение программы; анализ эффективности использования механизмов, созданных за время реализации программы для обеспечения бездотационного развития; анализ эффективности использования средств государственной поддержки, полученных в период 2003 - 2007 годов; оценка результатов выполнения программы; разработка и утверждение программы развития города Бийска как наукограда Российской Федерации на последующие годы.