Председателем Счетной палаты может быть гражданин РФ, имеющий высшее профессиональное образование в области государственного, муниципального управления, государственного, муниципального контроля (аудита), экономики, финансов, юриспруденции и стаж муниципальной службы на должностях не ниже главной группы либо государственной службы на должностях не ниже ведущей группы не менее двух лет или стаж работы по специальности не менее пяти лет. Председатель не может состоять в близких родственных отношениях с главой г. Барнаула, главой администрации города, заместителями главы администрации города, председателем комитета по финансам, налоговой и кредитной политике г. Барнаула, прокурором г. Барнаула. Председатель по вопросам местного значения, отнесенным к компетенции Счетной палаты, издает распоряжения, а по вопросам организации деятельности Счетной палаты издает приказы.

Должностными лицами Счетной палаты являются председатель, аудиторы и инспекторы, в служебные обязанности которых входят организация и осуществление контроля в соответствии с полномочиями Счетной палаты.