Ненадлежащее исполнение обязанностей по руководству финансово-хозяйственной деятельностью, а также отсутствие контроля со стороны начальника академии за подчиненными ему должностными лицами повлекло в 2006-2007 годах нецелевое использование бюджетных средств академии на сумму более 51 млн. руб., предназначенных для организации учебного процесса. 

Выяснилось также, что проверки, проводимые финансовой инспекцией военного округа в учебном заведении в указанный период, проходили поверхностно. В итоге ревизоры не выявили очевидные финансовые нарушения на сумму более 66 млн. руб. 

Более того, члены ревизионной группы для нужд финансовой инспекции за счет средств академии произвели незаконные закупки материальных ценностей на общую сумму почти 3 миллиона рублей. При этом материальные ценности в вузе не учитывались. 

В связи с этим прокурор Ленинградского военного округа в адрес командующего войсками округа и заместителя начальника Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации внес представления об устранении нарушений закона. 

Кроме того, по материалам прокурорской проверки военное следственное управление Следственного комитета при Прокуратуре Российской Федерации по Ленинградскому военному округу возбудило и расследует 4 уголовных дела.