Федеральное космическое агентство является уполномоченным федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по обеспечению реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию, оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в сфере космической деятельности, международного сотрудничества при реализации совместных проектов и программ в области космической деятельности, проведения организациями ракетно-космической промышленности работ по ракетно-космической технике военного назначения, боевой ракетной технике стратегического назначения, а также функции по общей координации работ, проводимых на космодроме Байконур.

Федеральное космическое агентство осуществляет лицензирование космической деятельности, а также осуществляет функции по лицензированию разработки, производства, ремонта и утилизации вооружения и военной техники по видам, отнесенным к компетенции Агентства.