Организацией по первоначальной декларации принят к вычету НДС, деньги из бюджета получены. Переплаты на счету нет. Первоначальная налоговая декларация прошла камеральную проверку в 2017 году, нарушений налоговый орган не выявил, и НДС был возмещен (НДС возмещался в обычном порядке, предусмотренном ст. 176 НК РФ). В 2018 году была подана уточненная налоговая декларация на уменьшение суммы к возмещению. Налоговый орган считает, что пени должны начисляться со срока уплаты НДС за тот отчетный период, за который представлена уточненная налоговая декларация (ссылается на раздел 6 приказа ФНС России от 18.01.2012 N ЯК-7-1/9@ в редакции приказа ФНС России от 30.03.2018 N ММВ-7-22/183@). Организация считает, что пени должны начисляться со дня фактического получения налогоплательщиком средств (ведь именно с этого момента налогоплательщик получил в распоряжение сумму НДС, как выяснилось позднее, возмещенную в излишнем размере). С какого периода должны считаться пени на разницу между первоначальной декларацией и уточненной налоговой декларацией, по которой сумма налога также подлежит возмещению, но уже в меньшем размере?