Организации часто сталкиваются с ситуацией, когда сотрудник отгулял уже весь, положенный ему отпуск, но на дату своего увольнения отработал его не полностью. В этом случает работодатель имеет право из зарплаты работнику удержать часть выплаченных ранее отпускных (ст. 137 ТК РФ).

Но при этом встает вопрос – как поступить с исчисленным и удержанным НДФЛ. Ведь в соответствии с налоговым законодательством с выплаченных сотруднику отпускных организация должна удержать и перечислить в бюджет сумму налога (п. 1 ст. 210, п. 1, п. 4 ст. 226 НК РФ). Как пояснило ведомство, удержанные и перечисленные в бюджет с начисленных работнику отпускных суммы налога являются излишне уплаченными налоговым агентом (письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России от 30 октября 2015 г. № 03-04-07/62635). Соответственно, суммы налоговых обязательств работника по НДФЛ за налоговый период организации-работодателю придется скорректировать, ведь в случае, если работник возвращает фактически выплаченные ему ранее суммы отпускных, такие суммы не будут признаваться его доходом. При этом у налогового агента – работодателя образуется переплата по НДФЛ.

Указанная переплата может быть возвращена организации-работодателю (п. 2, п. 14 ст. 78 НК РФ). Для этого необходимо подать соответствующее заявление в налоговый орган по месту учета работодателя. После получения денег из налоговой инспекции, организация должна выплатить их своему бывшему сотруднику.