С 1 января 2009 г. вычеты указанных сумм налога производятся на момент определения налоговой базы при выполнении названных работ, т.е. на последнее число каждого налогового периода. Таким образом, начиная с первого налогового периода 2009 г., в налоговой декларации по НДС отражаются как исчисленные суммы налога, так и суммы налога, подлежащие вычету.
Следует иметь в виду, что суммы НДС, исчисленные при выполнении названных работ в 2006-2008 гг., принимаются к вычету по мере уплаты этого налога в бюджет.
Необходимо учитывать: если построенный объект начинает использоваться одновременно и в облагаемых, и в необлагаемых НДС операциях, принятые к вычету суммы НДС подлежат восстановлению и уплате в бюджет в течение 10 лет с года введения объекта в эксплуатацию. Если построенный объект не подлежит вводу в эксплуатацию, принятые к вычету суммы НДС восстанавливаются и уплачиваются в бюджет в том налоговом периоде, в котором принято решение о списании этого объекта с баланса.
Если стоимость построенного объекта не включается в расходы при исчислении налога на прибыль, принятые к вычету суммы НДС подлежат восстановлению и уплате в бюджет в том налоговом периоде, в котором данный объект введен в эксплуатацию.

С 1 января 2009 г. вступили в силу изменения в порядок применения вычетов по НДС. Однако при осуществлении с указанной даты товарообменных операций, зачетов взаимных требований, при использовании в расчетах ценных бумаг суммы налога, предъявленные налогоплательщику при приобретении им товаров (работ, услуг), принятых к учету до 31 декабря 2008 г. включительно, подлежат вычету в соответствии с порядком, действовавшим на дату принятия их к учету.
Разъяснен порядок применения вычетов сумм НДС по товарам (работам, услугам), принятым к учету до 1 января 2009 г., расчеты за которые производятся в вышеназванных безденежных формах.
Рассмотрена ситуация, когда товары (работы, услуги) были приняты к учету с 1 января 2008 г. по 31 декабря 2008 г. включительно, и расчеты за них производятся как в 2008 г., так и после.
С 1 января 2008 г. в случаях использования в расчетах за товары (работы, услуги) собственного имущества (в том числе векселя третьего лица), ценных бумаг, товарообменных операций суммы НДС, фактически уплаченные налогоплательщиком-покупателем продавцу, подлежат вычетам после передачи данного имущества, ценных бумаг, при наличии счетов-фактур и соответствующих первичных документов.
Приведены особенности применения вычета, если первоначальное обязательство о денежной оплате товаров заменено на оплату собственным имуществом.
В случае осуществления зачетов взаимных требований суммы налога, предъявленные налогоплательщику-покупателю, подлежат вычетам не ранее того налогового периода, в котором одновременно выполнены следующие условия: подписано соглашение (акт) о зачете взаимных требований, суммы налога перечислены этим покупателем продавцу. В случае применения вычетов до этого налогового периода, налогоплательщик-покупатель должен скорректировать вычеты и представить уточненную декларацию за соответствующий налоговый период.
Кроме того, разъяснены особенности применения вычетов по НДС, когда товары (работы, услуги) приняты к учету в 2007 г., а расчеты за них производятся как в 2007 г., так и после, а также когда они приняты к учету до 2007 г., а расчеты производятся как в 2006 г., так и после.