Для выделения квот пользователем направляется в бассейновый орган по охране, воспроизводству водных биологических ресурсов и регулированию рыболовства соответствующая заявка, отвечающая перечисленным в приказе требованиям. Бассейновый орган совместно с научно-исследовательскими рыбохозяйственными организациями рассматривает заявки и представляет в Госкомрыболовство России сводные заявки, а также предложения по распределению квот.
Определяются составляющие объема квот на вылов (добычу) водных биологических ресурсов в целях их воспроизводства и акклиматизации.