Уполномоченным федеральным органом исполнительной власти по контролю за деятельностью совета рынка является Министерство энергетики. Министерство вправе налагать право вето в отношении решений органов управления совета рынка, а также направлять в указанные органы управления вопросы, обязательные для рассмотрения и подлежащие включению в повестку дня очередного или внеочередного собрания или заседания органов управления совета рынка, к компетенции которых относится решение данных вопросов. Кроме того, Министерство принимает решения по обязательному для рассмотрения и направленному в органы управления совета рынка вопросу в случае, если указанные органы в течение 45 дней не приняли по нему решения.