Новые системы оплаты включают в себя размеры окладов (должностных окладов), ставок заработной платы и выплаты компенсационного и стимулирующего характера. Размеры окладов (ставок заработной платы) устанавливаются руководителем учреждения исходя из базовых окладов (ставок) на основе требований к профессиональной подготовке и уровню квалификации, которые необходимы для осуществления соответствующей профессиональной деятельности, а также с учетом сложности и объема выполняемой работы. Должностной оклад руководителя учреждения в соответствии с новыми системами оплаты труда составляет 3 размера средней заработной платы работников основного персонала возглавляемого им учреждения.
Объем средств на оплату труда работников и персонала формируется на календарный год исходя из объема ассигнований федерального бюджета, бюджетов государственных внебюджетных фондов и средств, поступающих от предпринимательской и иной приносящей доход деятельности учреждения. С 1 января 2010 года объем средств на выплаты стимулирующего характера должен составлять не менее 30% средств на оплату труда, формируемых за счет ассигнований федерального бюджета. Предусмотрено, что объем средств на оплату труда работников и персонала, предусмотренных соответствующим главным распорядителям средств федерального бюджета в федеральном бюджете и бюджетах государственных внебюджетных фондов, может быть уменьшен только при условии уменьшения объема предоставляемых федеральными бюджетными учреждениями государственных услуг.