Пленум ВАС РФ разъяснил некоторые вопросы, связанные с уплатой сборов за пользование объектами водных биологических ресурсов. В частности, рассмотрены случаи, когда в соответствующие разрешения на вылов водных биоресурсов были внесены изменения. Так, поясняется, что поскольку такие изменения являются неотъемлемой частью первоначально выданного разрешения, то их внесение не должно расцениваться как выдача нового разрешения и влечь обязанность плательщика сбора повторно исчислить и уплачивать сумму сбора в отношении одного и того же объема разрешенных к добыче биоресурсов. Однако от указанного сбора следует отличать государственную пошлину за предоставление разрешения на пользование, которая взимается на основании п.п. 74 п. 1 ст. 333 НК РФ.
Кроме того, судам следует исходить из того, что при внесении изменений в разрешения в виде увеличения или уменьшения объема разрешенных к добыче водных биоресурсов, соответствующим образом увеличивается или уменьшается объект обложения сбором. Поэтому если общая сумма сбора, подлежащая уплате, с учетом произведенной корректировки объема ресурсов оказывается меньше фактически уплаченных к моменту внесения изменений сумм, разница подлежит зачету или возврату плательщику в порядке, предусмотренном ст. 78 НК РФ. При этом плательщик сбора не вправе требовать корректировки размера подлежащего уплате сбора до тех пор, пока в выданное разрешение не будут внесены изменения в установленном порядке. Также Пленум обратил внимание на порядок уплаты сборов при аннулировании указанного разрешения.
Что касается взаимосвязи суммы сбора и объема добываемых биоресурсов, то Пленум указал следующее. Объем фактически добытых биоресурсов не имеет значения для исчисления сбора, поскольку он исчисляется исходя из объема биоресурсов, указанного в разрешении. В связи с этим перерасчет суммы сбора по количеству фактически выловленных ресурсов производиться не должен. Также отмечено, что возможность зачета или возврата сумм сбора по нереализованным разрешениям по истечении срока их действия не может применяться к сбору за пользование объектами водных биоресурсов.