Высший Арбитражный Суд РФ признал недействующим абз. 13 раздела "В целях применения статьи 171 Налогового кодекса Российской Федерации" Приложения к письму ФНС России от 19.10.2005 N ММ-6-03/886, разъясняющий, что суммы НДС, принятые налогоплательщиком к вычету в соответствии со ст.ст. 171, 172 НК РФ по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, приобретенным для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с гл. 21 НК РФ, но неиспользованным для указанных операций, должны быть восстановлены и уплачены в бюджет; стоимость похищенного имущества должна возмещаться за счет виновных лиц с учетом НДС.
Суд, отклоняя ходатайство о прекращении производства по делу, мотивированное тем, что оспариваемый акт не носит характер нормативного правового акта, указал, что поскольку оспариваемые разъяснения доведены до сведения налоговых инспекций с указанием учитывать их в работе, следовательно, письмо рассчитано на многократное применение налоговыми органами, в том числе и при осуществлении функций налогового контроля. Поэтому оно может рассматриваться в качестве акта, имеющего нормативный характер, несмотря на форму изложения соответствующих указаний, а также на отсутствие государственной регистрации письма и его опубликования в официальном издании. Вместе с тем, исходя из Положения о Федеральной налоговой службе, утвержденного постановлением Правительства РФ от 30.09.2004 N 506, ФНС не наделена правами по изданию нормативных правовых актов по вопросам налогов и сборов. Таким образом, указанное письмо, имеющее характер нормативного правового акта, издано неуполномоченным органом.
Что касается содержания оспариваемого положения, то Суд пояснил следующее. В п. 3 ст. 170 НК РФ предусмотрены случаи, при которых суммы НДС, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, подлежат восстановлению. Недостача товара, обнаруженная в процессе инвентаризации имущества, или имевшее место хищение товара к числу случаев, перечисленных в п. 3 ст. 170 НК РФ, не относятся. Поэтому оспариваемое положение содержит правило, возлагающее на налогоплательщиков обязанность по внесению в бюджет ранее принятых к вычету сумм НДС, не предусмотренную налоговым законодательством.