В Налоговый кодекс внесено более 150 изменений и поправок. Изменения направлены на совершенствование налогового контроля, упорядочение налоговых проверок и документооборота в налоговой сфере. Уточняется порядок направления материалов налоговых проверок в органы внутренних дел, устанавливается закрытый перечень документов, которые могут быть истребованы у налогоплательщика в рамках камеральной налоговой проверки (с учетом особенностей процедуры возмещения НДС), вводится обязательный порядок рассмотрения возражений налогоплательщика до вынесения решения по результатам налоговой проверки, устанавливается запрет на проведение более двух выездных налоговых проверок в год, за исключением случаев, когда проверка осуществляется по личному решению руководителя ФНС России.
Институт встречной проверки заменяется специальным порядком истребования документов. Такое истребование может производиться только налоговым органом, в котором налогоплательщик состоит на налоговом учете. Увеличивается срок представления истребуемых налоговым органом документов, вводится запрет на применение штрафных санкций по результатам повторных налоговых проверок.
Федеральный закон вступает в силу с 1 января 2007 г., за исключением положений, для которых настоящей статьей установлены иные сроки вступления в силу.